Ein Teil der auf dem Substrat auftreffenden hochenergetischen Elektronen wird gestoppt und kann insbesondere im Fall isolierender Substrate wie z.B. Quarz, nicht oder nur sehr langsam Richtung Masse abgeführt werden. Das Substrat bzw. der Resist lädt sich dabei negativ auf und der Elektronenstrahl wird bei der Belichtung von der gewünschten Position unkontrollierbar abgelenkt. Durch Aufbringen einer dünnen Metallschicht oder einer leitfähigen Polymerschicht (z.B. leitfähiger Resist AR-PC 5090.02) kann die störende überschüssige Ladung abgeführt werden. Für niederenergetische Elektronenstrahlen ist der Einsatz leitfähiger Schichten effizienter als im Fall hochenergetischer Strahlen (>50keV), da diese die Schicht weitestgehend ungehindert passieren und sich weiterhin im Substrat akkumulieren können.

Solche Aufladungen spielen auch eine Rolle bei der Raster-Elektronen-Mikroskopie (REM). Die sich bildenden Aufladungen verderben den Kontrast der Aufnahme. Auch hier kann mit Electra 92 oder einer Metallschicht der Effekt beseitigt werden.